金陵科技学院港澳台合作与交流办公室是学校根据党和国家对港澳台政策，协调和处理对港澳台教育交流事务的归口部门。其主要工作内容包括：港澳台地区来访活动的组织和落实；教职工因公赴港澳台访问活动的报批及证件办理；学生赴港澳台高校交流学习项目的组织和实施；与港澳台地区开展的学术交流活动的组织和协调；与港澳台地区高校校际合作项目的开发、实施和管理；港澳台地区学生的招生和管理；上级有关部门交办的其它各项事务。